Die erste urkundliche Erwähnung dieses Zisterzienser-Nonnenklosters St. Niklas vor dem Stubentore fällt in die Zeit um 1200. Aus einer grundbücherlichen Eintragung bei zwei Häusern des dritten Bezirks können wir auf die ungefähre Lage des damaligen Klosters schließen. Die Eintragungen weisen nämlich aus, daß das Areal der Häuser Salmgasse 2 und Rasumofskygasse 29 innerhalb des Grundes des alten Nikolaiklosters liegt, womit wir einen Hinweis auf die Ausdehnung dieses bis ins 16. Jh. bestehenden Klosters haben. Genau befand es sich auf der Flur "Auf den Werffen" im Zentrum der Nikolaivorstadt. Die Grundbucheintragung für das Haus Rasumofskygasse 29 gibt exakt Bescheid: "Ein Hauß, alda vor Zeiten S. Nicolai Frauen Closter gestanden, weliches in der Anno 1529 gewesten Türkischen Belagerung völlig ruinirt und in die Asch gelegt worden ist." Ein alter Plan der ehemaligen Vorstadt zeigt überdies bei der Abzweigung der Gemeingasse (heute Salmgasse) von der Rauchfangkehrergasse (heute Rasumofskygasse) die Eintragung "Vor Jahren S. Nicolai-Closter". Das Nikolaikloster auf der Landstraße war das Mutterkloster des gleichnamigen Zisterzienserinnenklosters in der Stadt und besaß Weingärten und Felder, Häuser und Wirtschaftsgebäude, auch außerhalb der unmittelbaren Umgebung des Klosters. Die Äbtissin des Landstraßer Klosters verwaltete gleichzeitig das Vermögen des Klosters in der Stadt. Formell hatte zwar der Zisterzienser-Abt von Heiligenkreuz das Aufsichtsrecht über beide Klöster, doch war er in seinen Beschlüssen von der Vorsteherin auf der Landstraße abhängig.
Etwa um 1200 überließ ein gewisser Dietricus von Hohenberg dem Kloster "ein Pfund Geld aus seinem Besitz Brunne". Aus der Regierungszeit Leopolds VI. ist uns eine Urkunde überliefert, die besagt, daß ein Hadmar de Schonenberg, sein Bruder Rapoto und deren Mutter Juta dem Nonnenkloster "quatuor iugera lignorum iuxta Purchastor" überlassen hätten. Papst Gregor X. nahm dann das Kloster unter seinen besonderen Schutz. Er gewährte ihm gewisse Freiheiten bezüglich der Gerichtsbarkeit sowie bei der Wahl der Äbtissin. Im Februar 1277 bestätigte Rudolf 1. dem Nonnenkloster die Mautfreiheit für zwei Kufen Salz an den Mautstellen zu Neuenburg bei Passau, zu Linz, Mauthausen, Ybbs und Stein. Aber nicht nur von offizieller Seite des Landesherrn, auch von bürgerlicher Seite erhielt das Kloster Zuwendungen. So schenkte etwa Wilhelm Scherant, Bürger zu Wien, im Jahr 1277 "auf seinen Todesfall drei Pfund jährliche Gülte zu Hirschstetten".

Als erste namentlich bekannte Äbtissin scheint Menegardis in der Zeit von 1276 bis 1282 auf. Zu dieser Zeit war Otto von Perchtoldsdorf der Vogt des Klosters. Nur wenig später bestätigte Herzog Albrecht dem Zisterzienserkloster St. Nikolaus "extra muros" (dies als Unterscheidung zum Stadtkloster) die Gerichtsbarkeit auf allen Klosterbesitzungen. Dies bedeutete, daß die Nonnen in zivilrechtlichen Angelegenheiten nur mehr dem Landesfürsten und keinem anderen Richter unterstanden. Das Kloster verfügte bald über einen beachtlichen Besitz an Grund und Boden. Aus den Unterlagen wissen wir auch, daß im 14. Jh. die Geld- und Grundtransaktionen in verstärktem Maß weitergingen. Reduziert wurde dieser Besitzstand allerdings immer wieder durch kriegerische Einfälle. Das Kloster befand sich nämlich geographisch in einer relativ tiefen und gedeckten Lage, die in Kriegszeiten, bei Belagerungen und Ausfällen, von den Feinden als militärischer Verteidigungspunkt gewählt wurde. Auch Rudolf von Habsburg soll, als er 1276 gegen Premysl Ottokar zu Felde zog und mit seinem Heerbann vor Wien erschien, von diesem Kloster Besitz ergriffen haben und von hier aus die Ausspähung des gegnerischen Heeres vorgenommen haben.
Neben seinen Weingärten und Wäldern besaß das Kloster aber auch Fleischbänke sowie einen Gewandkeller, wo Kleider gehandelt wurden, "unter den Langen Tuchlauben ze Wieene", der unter der Äbtissin Christine 1387 verkauft wurde. Die Verwaltung des umfangreichen Grundbesitzes auf der Landstraße, aber auch in Grinzing, Hernals, Oberlaa, Mauerbach oblag einer Reihe sogenannter Amtsmänner, Bergmeister und Schaffer. So ist z. B. ein Amtmann Heinrich in der Landstraße für das Jahr 1330 bezeugt.

Dem Kloster waren nicht immer glückliche Zeiten beschieden, nicht immer florierte das Wirtschaftsgefüge des Ordens. Nachdem 1449 im Zuge der Stadtbefestigung ein Bollwerk bei St. Niklas errichtet worden war, kam es auch in den darauffolgenden Jahren zu Ausgaben für Befestigungsanlagen, wie Pfeiler, Bogen und "andere Notdurft", beim Bau des Niklasturmes. Eine entscheidende Funktion nahm der Turm auch in der Zeit der Auseinandersetzung zwischen Albrecht Vl. und Friedrich ein, als er mit Münzgesellen, Zinngießern und Schlossergesellen besetzt war. Dieser Niklasturm war durch eine Mauer mit dem Kloster verbunden, Kloster und Vorstadt waren mit Wall und Graben umgeben. Die Lage der sogenannten "Niklas Porten" lässt sich heute genau rekonstruieren, das Niklastor stand nächst dem heutigen Haus Landstraßer Hauptstraße 50. Auch die Lage des Walles lässt sich mit Hilfe der Grundbücher feststellen. Er erstreckte sich in der Salmgasse bis zur Rasumofskygasse, längs dieser wieder gegen den Marktplatz zu und durch die Sechskrügelgasse bis zum Haus Ungargasse Nr. 1. Doch auch diese Verteidigungsanlagen konnten nicht verhindern, daß das Kloster 1461 durch Albrecht VI. erstürmt wurde, unter Umständen war Verrat im Spiel. Im darauffolgenden Jahr sammelte hier Bürgermeister Holzer jene 400 kaiserlichen Reiter, mit denen er unter Anführung des Hauptmannes Tristram die Stadt nächtlich überrumpeln wollte, um der Herrschaft Albrechts VI. ein Ende zu machen. Der Überfall mißlang, und der Wiener Bürgermeister büßte dies mit seinem Leben. Am 14. April 1463 wurde Holzer gevierteilt, seinen Kopf stellte man auf den Zinnen des St. Niklasturmes zur Schau. In einer diesbezüglichen Rechnung der Stadt wird auf dieses Ereignis bezug genommen. Die Verrechnung jenes Nagels, mit dem Holzers Haupt an der Mauer des Niklasturmes befestigt wurde, liest sich folgendermaßen: "Umb 1 Nagl zu des Holzerhaupt auf die Ryngkmauer bey Sand Nicla. . . XXXII Denare". Die Äbtissinnen jener Zeit hatten also keineswegs ein so ruhiges und beschauliches Klosterleben wie vielleicht noch manche ihrer Vorgängerinnen. Neben einer Reparatur der Vorstadtumfassung hinter dem St. Niklaskloster gegen die Donau war auch 1473 in der Gegend der heutigen Beatrixgasse ein Bollwerk entstanden. Im Mai 1485 nahte schon das nächste Unglück. Das Kloster wurde von den kriegerischen und siegreichen Heerscharen des Ungarnkönigs Matthias Corvinus im Sturme genommen, die Nonnen wurden verjagt und die Klosterräume zur Unterkunft von Corvinus hergerichtet. Der Ungarnkönig hielt sich dann einige Tage hier auf. Im Kloster selbst wurde Waffenstillstand zwischen Corvinus und den Wienern geschlossen, und vom Niklaskloster aus erfolgte im Juni 1485 der Einzug des Ungarnkönigs in Wien.

Diese Katastrophe war aber anscheinend nur der Vorbote für das kommende schreckliche Ende: Das kam für das Kloster im Jahr 1529. Im Jahr der Ersten Türkenbelagerung wollte man noch die Klöster St. Theobald und St. Niklas zu "pasteien machen" und den "Veindt mit geschütz wehren, das er sich in die nahent nit legern möcht". Dieser Plan wurde auch vom späteren Wien-Verteidiger Graf Salm gutgeheißen. Deshalb begann man in aller Eile einen Holzwall um die Vorstadt zu legen. Am 23. September 1529 zog Graf Hans von Hardegg mit 500 Reitern durch das Niklastor, um die sengende Vorhut der Türken aus der Gegend von St. Marx zu vertreiben. Es gelang zwar noch, die Vorhut zurückzuschlagen, aber bald standen die Verteidiger dem Hauptheer der Osmanen gegenüber und ergriffen panikartig die Flucht. Die mit viel Mühe errichteten Sicherheitsvorkehrungen sowie die Häuser der Vorstädte wurden großteils niedergerissen und verbrannt. Die Rauch- und Feuersäulen rückten der Stadt immer näher, und so war das Kloster eines der ersten Objekte, deren sich die Türken bemächtigten. Bald war es nur mehr ein rauchender Trümmerhaufen. Am 15. Oktober begann der Abzug der Türken. Die Nikolaivorstadt und das Nikolaikloster waren zu einem öden, verwüsteten Grund geworden. Bürgermeister und Rat der Stadt Wien brachten viele obdachlose Bewohner der Vorstadt im Predigerkloster, im Heiligenkreuzerhof sowie im Hieronymuskloster und im Lilienfelderhof unter. Bald erlaubte der Kaiser den obdachlos Gewordenen wieder die Rückkehr an ihre Wohn- und Wirkstätten, die Besiedlung der niedergebrannten Vorstädte setzte ein. 1534 suchten auch die Nonnen des Nikolaiklosters um Genehmigung zum Wiederaufbau an, was der Kaiser jedoch ablehnte. Gründe und Güter des Klosters wurden aufgeteilt, einen Teil z. B. bekam der Wiener Bischof, den Großteil das Stift St. Dorothea. Damit war mit der letzten Äbtissin Anna Willerother das Ende des über dreihundert Jahre alten Klosters gekommen. Die Nonnen kamen in andere Klöster, an Stelle des Klostergebäudes wurde ein Privathaus errichtet.